Sejarah perkembangan pengelolaan perpustakaan, mengalami dinamika dan perubahan tidak kurang dari tiga kali pindah gedung. Sejak tahun 2006 perpustakaan menggunakan satu ruang di Kantor Departemen Agama Kota yang kondisinya belum direhab seperti sekarang. Sampai akhir tahun 2011 menempati satu ruang kuliah gedung A. Kemudian pada tahun 2012 bulan Februari pindah gedung baru sampai sekarang. Orang yang bekerja di perpustakaan pada tahun tersebut empat orang, yang terdiri dari seorang mempunyai tugas pokok bagian sirkulasi, seorang bagian referensi dan seorang lagi bagian administrasi. Dan satu orang lagi adalah unsur pimpinan. Yang menjadi kepala perpustakaan STAIN Al Fatah Jayapura pertama kali adalah bapak Ode Abu Sita, S.Ag yaitu antara tahun 2006 sampai dengan tahun 2008. Kemudian periode tahun 2008 sampai dengan 2010 yang menjadi kepala perpustakaan adalah ibu Nadia Saufa Anggraini, S.Sos.I. Dan selanjutnya periode tahun 2010 sampai sekarang yang menjadi kepala perpustakaan adalah bapak Agung Budiono, S.Sos. Sementara sejak berdirinya STAIN AL Fatah Jayapura tahun 2004 sampai tahun 2006, perpustakaanya masih dikelola oleh bagian umum dan kepegawaian dan lebih ditekankan pada pendataan buku hibah dan belum dilayankan. Dan awal berdirinya STAIN Al-Fatah menempati salah satu ruang Madrasah Ibtidaiyah (MI) Ash Sholihin dibelakang Masjid Raya Ash Sholihin. Oleh karena sering disebut dengan kampus UGM yaitu singkatan Unit Gang Masjid.
Tata ruang perpustakaan mengalami perubahan yang signifikan, yaitu dari satu ruang kuliah pindah ke gedung baru yaitu dua lantai sementara personil pegawai belum ada tambahan. Alasan terakhir inilah yang sampai sekarang gedung perpustakaan lantai dua belum dimanfaatkan. Begitu juga buku-buku terus mengalami tambahan baik berasal dari hibah dan pengadaan dengan anggaran DIPA STAIN AL-Fatah Jayapura. Data terakhir jumlah koleksi bahan pustaka baik buku mengenai tarbiyah, hukum islam, umum populer, kamus, skripsi dan sebagainya berjumlah 4435 judul 11.532 eksemplar (data akhir Desember 2015).Selain itu sarana prasarana terus ditambah, misalnya meja dan kursi untuk ruang baca, rak buku, meja siskulasi, alat pendingin AC dan fasilitas lainya. Sementara sistem pelayanan kepada pemustaka menggunakan sistem perpustakaan (simpus) Linux dengan proses digitalisasi sejak tahun 2007. Mulai absensi digital bagi pengunjung yang telah menjadi anggota perpustakaan dan layanan penelusuran bahan pustaka buku dengan menggunakan OPAC (online procces Acces Cataloque). Dan pada akhir tahun 2015 ini sistem aplikasi itu akan diremajakan dengan menggunakan Senayan termodifikasi yang bisa dikoneksikan dengan Indonesia Worksed pada Perpustakaan Nasional. Arah pelayanan kedepan adalah sistem online yang dapat diakses selama 24 jam bagi yang mendaftar menjadi anggota dan telah diberikan lisensi pasword ID atau User name.
Kondisi perpustakaan seperti ini dilandasi visi misi perpustakaan STAIN Al-Fatah Jayapura. Visi mengembangkan perpustakaan STAIN Al-Fatah Jayapura sebagai Pusat Informasi Pembelajaran, penelitian berbasis Keislaman dan Keilmuan. Misi meningkatkan kualitas layanan prima sesuai dengan perkembangan teknologi informasi. Kedua mengembangkan sumber-sumber belajar dalam bidang ke Islaman dan Ke Ilmuan. Berikut memperkuat hubungan kerja sama secara intra dan ektra dibidang sumber daya manusia maupun penguasaan system pengolahan.
Untuk mewujudkan visi misi perpustakaan tersebut paling tidak sudah terpenuhinya empat pilar perpustakaan yaitu bahan pustaka atau buku, gedung perpustakaan, pemustaka atau pengguna perpustakaan (user) dan seorang pustakawan tingkat ahli yang ditetapkan sejak tahun 2012. Tugas dan fungsi seorang pustakawan telah ditetapkan berdasarkan Peraturan Menteri Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi (Permen PANRB) No 9 Tahun 2014. Secara garis besar mempunyai tugas berkaitan dengan Pengelolaan Perpustakaan, Pelayanan Perpustakaan dan Pengembangan sistem Kepustakawanan. Bahan pustaka atau buku yang berkualitas adalah jenis-jenis buku yang disesuaikan dengan kebutuhan mahasiswa dengan perbandingan yang ideal antara jumlah mahasiswa, jumlah mata kuliah yang ada .
Suatu ilustrasi kondisi gedung perpustakaan, suasananya yang sejuk, nyaman, hawa dingin dan diiringi instrumen musik yang pelan, membuat suasana dirasakannya sangat kondusif untuk belajar dan membaca buku di perpustakaan. Didukung tempat duduk diruangan yang telah disediakan sebagai meja baca yang telah dipenuhi pengunjung lain yang asik dengan buku ditanganya. Belum lagi yang sedang berdiri dan menelusuri buku di rak. Betapa perpustakaan ini begitu manfaatnya bagi mereka. Ilustrasi ini mengingatkan pada sebuah cita-cita perpustakaan bahwa perpustakaan akan menjadi salah satu lembaga pusat sumber daya informasi. Dengan demikian, perlahan tapi pasti perpustakaan dituntut mampu bersaing dan berbenah diri supaya pengguna dapat menikmati sumber bacaan dengan baik.