Koleksi referensi dan local content merupakan jenis koleksi yang bersifat non-sirkulasi, yaitu hanya dapat dibaca di tempat dan tidak diperkenankan untuk dipinjam pulang. Namun demikian, pemustaka diperbolehkan untuk melakukan fotokopi terhadap bagian tertentu dari koleksi tersebut sesuai dengan ketentuan yang berlaku di lingkungan Perpustakaan IAIN Fattahul Muluk Papua. Koleksi referensi dan local content ini ditempatkan secara khusus di Lantai 1 Gedung Perpustakaan IAIN Fattahul Muluk Papua, sehingga mudah diakses oleh pengguna yang membutuhkan informasi cepat dan terpercaya, khususnya untuk keperluan studi dan penelitian. Jenis-jenis koleksi referensi dan muatan lokal (repositori):
- Jenis koleksi referensi yang dimiliki, meliputi: 1) kamus, 2) ensiklopedia, 3) bibliografi, 4) katalog, 5) indeks, 6) direktori, 7) handbook/manual, 8) statistik, 9) atlas, 10) globe, dll.)
- Jenis koleksi muatan lokal atau repositori terdiri dari hasil karya ilmiah civitas academica, meliputi : 1) Skripsi, tesis dan disertasi, 2) Makalah seminar, simposium, konferensi, 3) Laporan hasil penelitian,dan laporan pengabdian masyarakat, dll, 4) Pidato pengukuhan, 5) Artikel yang dipublikasikan di jurnal nasional maupun intemasional, 6) Publikasi internal kampus : jurnal kampus, dll