Koleksi Referensi merupakan koleksi yang hanya dapat dibaca di tempat atau difoto copy di perpustakaan IAIN Fattahul Muluk Papua. Koleksi referensi berada di lantai 1 gedung perpustakaan IAIN Fattahul Muluk Papua.
Jenis-jenis Referensi
1) Sumber informasi/buku-buku rujukan umum tercetak antara lain:
1. Ensiklopedi, contoh: Ensiklopedi Indpnesia; ensiklopedi Islam dll
2. Kamus, contoh; Kamus Umum Bahasa Indonesia, Kamus Umum Bahasa Inggris, Kamus Umum Bahasa Arab. dll
3. Biografi
4. Geografi dan Sejarah
2) Koleksi Tugas Akhir, meliputi:
1. Skripsi
2. Tesis
3. Laporan Penelitian