Perpustakaan merupakan unsur vital dalam sebuah Perguruan Tinggi. Keberadaanya akan sangat mendukung pelaksanaan Tri Dhama Perguruan Tinggi. Sejak awal berdirinya, perpustakaan sudah menjadi bagian yang tak terpisahkan. Dalam sejarahnya bahkan keberadaan perpustakaan dapat ditemukan di setiap fakultas. Selain itu ada juga Perpustakaan.
Perpustakaan merupakan unit pelaksana teknis yang bertugas menyediakan dan mendayagunakan bahan pustaka, melakukan pelayanan referensi, dan memelihara bahan pustaka dan melakukan tata usaha perpustkaan. UPT Perpustakaan IAIN Fattahul Muluk Papua secara teknis bertugas menyediakan dan mengolah bahan pustaka, memberikan layanan dan pendayagunaan bahan pustaka, dan melakukan pelayanan referensi untuk keperluan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.
Dari program tersebut di atas, maka kebijakan pengembangan bidang perpustakaan dan sistem informasi yang telah dilakukan meliputi :
1. Pengembangan Sumber Daya Manusia. Untuk menjalankan tugas-tugas tersebut dalam kesehariannya, UPT Perpustakaan didukung oleh 7 personil, yaitu yang terdiri dari 1 Kepala, 1 Koordinator Urusan, 4 Urusan / Staf, yang berstatus pegawai negeri dan honorer dengan struktur organisasi yang lebih menekakankan pada pelayanan teknis dan pelayanan umum. Dalam kurun waktu 2005-2015 Sumber Daya Manusia UPT Perpustakaan IAIN Fattahul Muluk Papua , yang merupakan tulang punggung dari seluruh kegiatan perpustakaan, telah mengalami beberapa peningkatan SDM. Hal ini ditandai dengan aktifnya pihak perpustakaan dalam mengikuti berbagai kegiatan, seperti workshop, diklat-diklat, kursus, training serta seminar seminar di bidang perpustakaan dan informasi.
2. Pengembangan Koleksi. Pengembangan koleksi terus mengalami peningkatan baik secara kuantitatif maupun kualitatif. Pada tahun 2015 jumlah koleksi buku perpustakaan sebanyak , 3067 Judul ,9467 eksemplar; Disamping itu terdapat koleksi non buku, seperti CD-ROM jurnal, skripsi, majalah dan makalah-makalah diskusi dosen IAIN Fattahul Muluk Papua.
3. Pengembangan Layanan Penggunaan. Dalam kurun waktu 2005-2015 ini, layanan perpustakaan mengalami perkembangan baik dari segi kualitas maupun kuantitas. Dari pelayanan yang bersifat semi automasi menjadi pelayanan yang berbasis automasi penuh. Jumlah pengunjung perpustakaan setiap harinya bertambah dan menurut data statistik. Untuk itu UPT Perpustakaan IAIN Fattahul Muluk Papua menerapkan sistem otomasi di bidang sirkulasi, denda, checking kartu anggota dan statistik dengan menggunakan Local area Network (LAN) dilengkapi dengan Online Public Acces Catalog (OPAC).
Mulai Januari 2015, UPT IAIN Fattahul Muluk Papua sudah memberikan layanan internet kepada pengguna baik akses informasi di internet, Penambahan jenis pelayanan antara lain, layanan meja informasi,layanan foto copy, referensi, skripsi,tesis, desertasi,kliping serial dan juga menyediakan layanan tentang makalah-makalah/artiket pilihan yang didownload dari internet.
4. Pengembangan Kerjasama Perpustakaan. Dalam rangka mendukung pengembangan perpustakaan, UPT Perpustakaan IAIN Fattahul Muluk Papua menjalin kerjasama dengan UIN Sunan Kali Jaga Yogyakarta dalam bidang SDM dan Otomasi Perpustakaan.